С 1996 года МБОУ «Каргасокская СОШ-интернат №1» является ведущей школой района по введению профильного обучения.

     С 2005г по 2009 г. школа участвовала в областном эксперименте по введению профильного обучения на территории Томской области по теме «Модели сетевой организации профильного обучения». Обладая достаточным материальным и кадровым потенциалом школа выступала как «ресурсный центр профильного обучения», в который приезжали учащиеся 9 класса МОУ Павловская ООШ и учащиеся 10, 11 классов МОУ Новоюгинская СОШ.

  В 2023-2024 учебном году школа продолжает предоставлять обучающимся возможность формирования индивидуальных учебных планов, включающих учебные предметы из обязательных предметных областей (на базовом или углублённом уровне), а также курсы по выбору обучающихся, обеспечивающих реализацию учебных планов следующих профилей обучения:

• естественно-научного,
• гуманитарного,
• технологического,
• универсального с выбором предметов на углублённом уровне.